在各种表达系统中，最早被采用进行研究的是大肠杆菌表达系统，也是掌握最为成熟的表达系统，大肠杆菌表达系统以其细胞繁殖快速产量高、IPTG诱导表达相对简便等优点成为生产重组蛋白的最常用的系统。

对于表达不同的蛋白，需要采用不同的载体。已知的大肠杆菌的表达载体可分为非融合型表达载体和融合型表达载体两种。非融合表达是将外源基因插到表达载体强启动子和有效核糖体结合位点序列下游，以外源基因mRNA的AUG为起始翻译，表达产物在序列上与天然的目的蛋白一致。融合表达是将目的蛋白或多肽与另一个蛋白质或多肽片段的DNA序列融合并在菌体内表达。融合型表达的载体包括分泌表达载体、带纯化标签的表达载体、表面呈现表达载体、带伴侣的表达载体。

大肠杆菌表达系统优点在于遗传背景清楚、繁殖快、成本低、表达量高、表达产物容易纯化、稳定性好、抗污染能力强以及适用范围广等。

普罗金公司建有专门的重组蛋白表达纯化实验室，可提供从基因合成、质粒构建、蛋白表达、蛋白纯化等一站式重组蛋白表达纯化相关技术服务，近年成功完成相关重组蛋白表达纯化项目上千例。